Ключовата разлика между цис циклохексан и трансциклохексан е, че цис циклохексанът има своите заместители, насочени към същата равнина на пръстена, докато трансциклохексанът има заместители, насочени към противоположни равнини.
Циклохексанът е циклоалкан, в който има шестчленен въглероден пръстен, който съществува в конформацията на стола. В конформацията на стола това съединение има най-ниското напрежение под ъгъл; по този начин той е по-стабилен от други възможни конформации. Освен това при тази конформация половината от водородните атоми, свързани с въглеродните атоми, са в равнината на пръстена. Ние наричаме това като екваториално позициониране. Другата половина е разположена перпендикулярно на равнината на пръстена. Ние наричаме това аксиално позициониране. Когато има два или повече заместители в циклохексана, можем да наблюдаваме цис и транс изомеризма, като наблюдаваме дали заместителите са в екваториално положение или в аксиално положение.
