Ключовата разлика между FISH и CGH е, че FISH е молекулярна техника, която открива специфична ДНК последователност на хромозома с помощта на флуоресцентно маркирани сонди, докато CGH е друга молекулярна цитогенетична техника, която открива промени в геномната ДНК.
Цитогенетичният анализ играе важна роля в медицината при откриване на хромозомни аномалии като анеуплоидии, делеции, дублирания и пренареждания и др. Хромозомните аномалии в крайна сметка водят до генетични заболявания като рак, безплодие, синдром на Даун, синдром на Klinefelter, синдром на Търнър, левкемия и др. Съществуват различни молекулярни цитогенетични методи за откриване на гореспоменатите дефекти и заболявания. Сред тях FISH (флуоресцентна in situ хибридизация) и CGH (сравнителна геномна хибридизация) са две мощни техники за хибридизация. И двата метода обаче имат плюсове и минуси.
