Ключовата разлика между химера и мозайката е броят на зиготите, участващи във формирането на всеки организъм. Различните клетъчни популации произхождат от две зиготи в химера, докато различни клетъчни популации произхождат от една зигота в мозайка.
Химерата и мозайката първоначално са били митични понятия за генетична комбинация. С напредването на генетиката и молекулярната биология обаче вече е възможно научно да се обяснят феномените на химеризма и мозайката. И в химеризма, и в мозайката някои от телесните клетки носят различен геном. По този начин една и съща тъкан може да съдържа две или повече различни клетъчни популации. Освен това две зиготи участват в образуването на ембрион, който се развива в химера, докато една зигота участва в образуването на ембрион, който се развива в мозайката. Мутацията в ранното развитие е причината за мозайката, докато участието на две различни зиготи е причината за химеризма.
