Ключовата разлика между вътреклетъчната и междуклетъчната сигнализация е, че вътреклетъчната сигнализация е комуникацията в клетката, докато междуклетъчната сигнализация е комуникацията между клетките.
Клетките освобождават сигнални молекули към целевите клетки и комуникират помежду си чрез сигнални молекули в многоклетъчни организми. Клетките-мишени имат рецептори на клетъчните си повърхности и в цитоплазмата, за да приемат сигнали и да действат по съответния начин. Също така, в клетката се осъществява комуникация между органелите и ядрото за осъществяване на клетъчните функции. Следователно има два вида клетъчна комуникация като вътреклетъчна сигнализация или комуникация и междуклетъчна комуникация или сигнализация.