Ключовата разлика между анаммокс и денитрификация е, че анаммоксът се отнася до анаеробно амониево окисление, което превръща амония и нитритите в азотен газ при аноксични условия. Междувременно, докато денитрификацията е биологична трансформация на нитрат в N 2 чрез денитрифициране на бактерии.
Азотният цикъл е важен биогеохимичен цикъл, при който азотът се превръща в различни химични форми като NH 3, NH 4 +, NO 2 -, NO 3 -и т.н. Има четири основни процеса, наблюдавани в азотния цикъл. Те са фиксация, амонификация, нитрификация и денитрификация. Много от тези процеси се извършват от микроорганизми, особено от бактерии, присъстващи в почвата. Anammox е едно от най-новите допълнения към азотния цикъл. Това е процесът на анаеробно амониево окисляване. Специфична група бактерии, известни като планктомицети, извършват този процес. Те притежават специална органела, наречена анаммоксозоми, която осигурява мястото за реакция на анаммокс. В крайна сметка обаче денитрификацията и анаммоксът произвеждат азотен газ.
