Ключовата разлика между пластохинон и пластоцианин е, че пластохинонът е липофилна молекула-носител, която прехвърля електрони към пластоцианин чрез протеинов комплекс цитохром b6f. Но пластоцианинът е малък водоразтворим синьо-меден протеин, който приема двойка електрони от цитохром b 6 f комплекса и го предава на фотосистема I в тилакоидното пространство.
Фотосинтезата има два вида реакции като зависими от светлината реакции и независими от светлината реакции. Тези два вида фотосистеми играят важна роля в зависимите от светлината реакции. Те са фотосистема I и II. Фотосистемите са големи комплекси от протеини и пигменти или абсорбиращи светлина молекули. Те улавят енергията от слънчевата светлина. P700 е реакционният център на фотосистема I, докато P680 е реакционният център на фотосистема II. Всяка фотосистема поглъща светлина и произвежда АТФ чрез фотофосфорилиране. Те също произвеждат NADPH. Няколко вида електронни акцептори участват в светлинно зависимите реакции. Пластохинонът и пластоцианинът са два вида молекули, участващи в електронната транспортна верига.
