Ключовата разлика между hnRNA и mRNA е, че hnRNA е непреработената преждевременна mRNA транскрипт, която съдържа интрони, докато mRNA е обработената RNA, която не съдържа интрони.
Съществуват различни видове РНК, а hnRNA и mRNA са два вида от тях. Хетерогенната ядрена РНК, известна също като пре-иРНК, е вид първичен транскрипт, произведен вътре в ядрото. След като се направи пре-мРНК, тя се транскрипционно преработва във функционална иРНК, която може да се превърне в протеин в цитоплазмата. Следователно, hnRNA се синтезира от ДНК матрица и тя е новообразувана РНК преди обработката. иРНК е РНК последователността, която носи генетичната информация, за да произведе протеин. Това е форма на РНК след обработка. Освен това, иРНК носи генетични кодони от ДНК в ядрото до рибозомите за синтеза на протеини.
