Ключовата разлика между O и H антигена е, че O антигенът е най-външната част от повърхността на бактерията, докато H антигенът е тънката нишковидна структура, която е част от биччетата.
Антигените са места за молекулярно разпознаване, присъстващи в много бактерии, гъбички, вируси, прахови частици и други клетъчни и неклетъчни частици, които могат да бъдат разпознати от имунната система гостоприемник. Обикновено повечето антигени присъстват на клетъчната повърхност. Структурно антигените могат да бъдат протеини, аминокиселини, липиди, гликолипиди или гликопротеини или маркери на нуклеинова киселина. Тези молекули притежават специфична способност да предизвикват имунен отговор в гостоприемника. Този имунен отговор се предизвиква чрез задействане на производството на антитела като съответния резултат.
Антигените обикновено се използват в системата за идентификация на серотипа за бактериите. Салмонелата е бактериален род, който има много серотипове. Серотиповете са групи от микроорганизми от един и същи вид. Тези серотипове могат да бъдат разграничени с помощта на комбинацията от О антиген и Н антиген. O антигенът е странична верига на LPS, докато H антигенът е част от бичовете.
