Ключова разлика - Превод на Ник срещу Разширение на Primer
Преводът на ник и удължаването на праймера са две важни техники, изпълнявани в молекулярната биология. Ключовата разлика между ник транслацията и удължаването на праймера е, че процесът на ник транслация произвежда маркирани сонди за други техники на хибридизация, докато методът на удължаване на праймера идентифицира специфична РНК последователност от смес и разкрива информация за експресията на иРНК. И двете техники имат голямо значение и се извършват рутинно в лаборатории за молекулярни изследвания.
СЪДЪРЖАНИЕ
1. Общ преглед и ключова разлика
2. Какво е превод на Nick
3. Какво е разширение на праймера
4. Сравнение едно до друго - превод на Nick срещу разширение на праймера
5. Обобщение
Какво е Nick Translation?
Преводът на Ник е важна техника, използвана за приготвяне на маркирани сонди за различни молекулярно-биологични техники като блотиране, in situ хибридизация, флуоресцентна in situ хибридизация и др. Това е in vitro метод за маркиране на ДНК. ДНК сондите се използват за идентифициране на специфични ДНК или РНК последователности. С помощта на маркирана сонда могат да се маркират или визуализират специфични фрагменти от сложна смес от нуклеинова киселина. Следователно, маркираните сонди се приготвят с помощта на различни техники, които да се използват за различни техники. Преводът на Ник е един такъв метод, който произвежда маркирани сонди с помощта на ензими DNase 1 и DNA polymerase 1.
Процесът на транслация на ник започва с ензимна активност на DNase 1. DNase 1 въвежда нишки във фосфатния скелет на двуверижна ДНК чрез разцепване на фосфодиестерни връзки между нуклеотидите. След като се създаде никът, ще се получи свободна 3 'OH група на нуклеотида и върху нея ще действа ензимът ДНК полимераза 1. 5 'до 3' екзонуклеазна активност на ДНК полимераза 1 премахва нуклеотидите от ника към 3 'посока на ДНК веригата. Едновременно действа полимеразна активност на ензима ДНК полимераза 1 и добавя нуклеотиди, за да замести отстранените нуклеотиди. Ако нуклеотидите са маркирани, заместването ще се осъществи с маркираните нуклеотиди и ще маркира ДНК за идентификация. Тази новосинтезирана маркирана ДНК може да се използва като сонди в различни реакции на хибридизация в молекулярната биология.
Фигура 01: Процес на превод на Ник
Какво е Primer Extension?
Удължаването на праймера е техника, която се използва за намиране на специфична РНК последователност от РНК смес и локализиране на 5 'края на иРНК транскрипта. Използва се и за изследване на структурата на РНК и експресията. Методът за удължаване на праймера се извършва с маркирани праймери или с маркирани нуклеотиди. Ако се използват маркирани праймери, това изключва необходимостта от маркиране на нуклеотидите, които се използват за синтеза на cDNA. Има няколко стъпки в тази техника. Започва с извличане на РНК от пробата. След това към сместа се добавя маркиран олигонуклеотиден праймер заедно с необходимите съставки за синтезиране на cDNA на специфична РНК последователност. Грундирайте отгъванията с допълнителната последователност от сместа. Използвайки отпечената последователност на грунда като шаблон,ензимът обратна транскриптаза синтезира комплементарната ДНК (cDNA) на РНК последователността. Отгряване на праймера и обратна транскрипция се случват само когато специфичната РНК последователност присъства в пробата. И накрая, когато се извършва денатурираща гел електрофореза, може да се определи размерът на РНК последователността. Също така е лесно да се намери +1 база на последователността на иРНК (място за иницииране на транскрипция) чрез метода на удължаване на праймера. Количеството на иРНК, присъстващо в пробата, може да бъде определено количествено по този метод, ако се използва излишен праймер. Също така е лесно да се намери +1 база на последователността на иРНК (място за иницииране на транскрипция) чрез метода на удължаване на праймера. Количеството на иРНК, присъстващо в пробата, може да бъде определено количествено по този метод, ако се използва излишен праймер. Също така е лесно да се намери +1 база на последователността на иРНК (място за започване на транскрипция) чрез метода на удължаване на праймера. Количеството на иРНК, присъстващо в пробата, може да бъде определено количествено по този метод, ако се използва излишен праймер.
Фигура 02: Удължаване на грунд
Каква е разликата между Nick Translation и Primer Extension?
Различна статия Средна преди таблица
Nick Translation vs Primer Extension |
|
| Преводът на Ник е процес, който създава маркирани ДНК сонди за различни реакции на хибридизация. | Удължаването на праймера е техника, използвана за намиране на специфична РНК или за изследване на генната експресия. |
| Използвани ензими | |
| Използват се DNase 1 и ДНК полимеразни ензими. | Използва се ензим за обратна транскриптаза. |
| Значение | |
| Преводът на Ник улеснява маркирането на специфична ДНК последователност. | Удължаването на праймера позволява откриване на специфичен размер на последователността на иРНК и наличното количество в пробата. |
Резюме - Превод на Ник срещу разширение на Primer
Преводът на Ник е метод, използван за синтезиране на белязани сонди, базиран на активността на ензимите ДНКаза 1 и Е coli ДНК полимераза 1. Това е метод in vitro, използван в лабораториите преди различни техники на хибридизация. По време на транслацията на ник, 5'-3 'екзонуклеазна активност на ДНК полимераза 1 премахва нуклеотидите преди ника и полимеразната активност на ДНК полимераза 1 замества отстранените нуклеотиди с маркирани нуклеотиди зад ника. Удължаването на праймера е метод, който се използва за откриване на специфична РНК транскрипция от смес и количествено определяне на размера и количеството на интересуващата РНК. Това е разликата между превода на ник и удължаването на буквар.
