Основна разлика - PCR грундове срещу секвениращи грундове
С неотдавнашните разработки в областта на молекулярната биология бяха разработени различни генетични техники, които направиха процесите на изследване на различни пътища на темата лесни и точни. PCR и други процедури за секвениране са две важни такива техники. Те използват различни подкомпоненти. Праймерите се считат за основния подкомпонент, общ както за PCR, така и за техники за секвениране. PCR праймерите се използват за амплифициране на определена ДНК последователност, докато праймерите за секвениране се използват в контекста на секвениране на ДНК фрагмент с намерението да разкрият неговия специфичен ред на нуклеотидната последователност. Това е ключовата разлика между PCR праймерите и праймерите за секвениране.
СЪДЪРЖАНИЕ
1. Общ преглед и ключова разлика
2. Какво представляват PCR праймерите
3. Какво представляват праймерите за секвениране
4. Прилики между PCR праймерите и праймерите за секвениране
5. Равно до сравнение - PCR праймерите срещу секвениращите праймери в таблична форма
6. Резюме
Какво представляват PCR праймерите?
Полимеразна верижна реакция (PCR) е генетична техника, която се използва в областта на молекулярната биология, за да се амплифицират единични или няколко копия на определен ДНК сегмент и да се получат много милиони идентични копия. При PCR реакция се използват различни компоненти, включително праймери. Праймерите са къси ДНК вериги с дължина на нуклеотида 18-25, което ги прави съвместими с началната и крайната област на ДНК фрагментите, които трябва да бъдат амплифицирани. Грундовете могат да бъдат праймер и обратен грунд. Тези праймери се свързват с ДНК фрагмента в специфичните точки, където той прави ДНК полимераза, за да се свърже със специфичния праймер на мястото и да инициира синтеза на новата ДНК верига.
Изборът на праймери е важен аспект на PCR процеса. Изборът на дължината на грунда е важен. Идеалната дължина би била 18-25 нуклеотида. Ако дължината е твърде къса или твърде дълга, праймерите няма да се свържат с ДНК последователността, за да бъдат усилени точно. Праймерите, които са с твърде малка дължина, водят до неспецифично отгряване на праймера на различни места на ДНК последователността.
Фигура 01: PCR праймери
Съдържанието на гуанин и цитозин (GC) в добър грунд трябва да бъде в диапазона 40-60. Температурата на отгряване на праймера и температурата на топене са жизненоважни фактори по време на PCR. Температурата на топене трябва да се изчисли точно, а температурата на отгряване на грунда трябва да бъде с 5 0 C по-ниска от температурата на топене. Температурата на топене трябва да бъде 60 ° C и 75 ° C. Твърде високите или твърде ниските температури ще доведат до по-малко активна активност на ДНК полимераза.
Какво представляват секвениращите грундове?
Праймери за секвениране се използват в контекста на секвениране на ДНК фрагмент с намерението да се разкрие специфичната му идентичност. За да се получат добри резултати от секвенирането са важни висококачествените грундове и шаблони. По този начин, когато са избрани грундове, те трябва да са уникални за определен регион, където желаем да подредим. Също така трябва да бъде с правилна ориентация, където последователностите обикновено се генерират от 3 'до 5' края на праймерите. В последователността трябва да липсва нежелана самохибридизация, като образуването на бримки за фиби. Той не трябва да съдържа последователно формиране на бази от Гуанин.
Температурата на топене (Tm) на грунда трябва да е подходяща за условията на секвенирането. Следователно тя трябва да лежи между 52 ° C и 74 ° C. Приготвянето на олигонуклеотиди, които да се използват като грунд, трябва да се пречисти, за да се получи желаната пълна дължина на последователността. Ако олигонуклеотидите съдържат примеси, сигнализирането на праймерната последователност ще бъде насложено от различни места за грундиране и това също ще намали броя на базовите клетки.
Фигура 02: Секвениране на грундове
Температурата на топене на праймера (Tm) на олигонуклеотид определя колко силни са допълнителните ДНК вериги, които са хибридизирани помежду си. Tm може да се разглежда като термодинамично изчисление, където зависи както от ДНК последователностите, така и от няколко условия като концентрацията на сол. Tm е важен по време на PCR, където се използва вариант, наречен цикъл на секвениране, за да се получат група от завършени с дидеоксинуклеотид фрагменти. Тук праймерът, който е секвениран, първоначално ще се отгрява алтернативно, след това се удължава и накрая се денатурира за амплификация. Следователно стойността на Tm трябва да бъде между 52 o C и 74 oВ. Синтезирани олигонуклеотиди могат да бъдат получени от лаборатории за синтез на ДНК / РНК по избор. Малкият мащаб на синтеза, който се използва за секвениране на ДНК, обикновено е 50 nmol. Също така най-важното е, че грундовете, използвани за секвениране, трябва да бъдат пречистени, за да не съдържат примеси, които ще предотвратят намаляването на качеството.
Какви са приликите между PCR праймерите и секвениращите праймери?
- Както PCR праймерите, така и секвениращите праймери са праймери, които се използват в процеса на амплификация на целенасочена ДНК последователност.
- Както PCR праймерите, така и секвениращите праймери са съставени от нуклеотиди.
- Както PCR праймерите, така и секвениращите праймери са къси олигомери.
Каква е разликата между PCR праймерите и секвениращите праймери?
Различна статия Средна преди таблица
PCR грундове срещу секвениращи грундове |
|
| PCR праймерите са къси ДНК вериги с дължина на нуклеотидната последователност 18-25, което ги прави съвместими с началната и крайната област на ДНК фрагментите, които трябва да бъдат амплифицирани. | Секвениращите праймери са кратки олигомери, които се използват в контекста на секвениране на ДНК фрагмент с намерение да разкрият специфичната му идентичност. |
| Функция | |
| PCR праймерите се използват за амплифициране на определена ДНК последователност. | Праймери за секвениране се използват в контекста на секвениране на ДНК фрагмент с намерението да се разкрие специфичната му идентичност. |
| Брой необходими грундове | |
| Две грундове; един преден праймер и един обратен праймер се използват като PCR праймери. | Нуждаете се само от един грунд като грунд за секвениране. |
Резюме - PCR праймери срещу секвениращи праймери
Праймери за секвениране се използват в контекста на секвениране на ДНК фрагмент с намерението да се разкрие специфичната му идентичност. Един буквар за секвениране ще бъде достатъчен за стартиране на процеса. За да се получат добри резултати от последователността, важни са висококачествените грундове и шаблони. По този начин, когато са избрани грундове, те трябва да са уникални за определен регион, където желаем да подредим. PCR праймерите са къси ДНК вериги с дължина на нуклеотида 18-25, която е съвместима с началната и крайната област на ДНК фрагментите, които трябва да бъдат амплифицирани. PCR праймерите могат да бъдат праймер и обратен праймер. Съдържанието на гуанин и цитозин (GC) в добър грунд трябва да бъде в диапазона 40-60. Температурата на отгряване на грунда и температурата на топене са жизненоважни аспекти по време на PCR. Това е разликата между PCR праймерите и праймерите за секвениране.
