Ключовата разлика между вмъкването и заместващите вектори е, че влагащият вектор има способността да вмъква умерени дължини на чужда ДНК, докато заместващият вектор има способността да побира по-големи дължини на чужда ДНК.
Фаговите вектори са бактериофагите, използвани за клониране. Има два вида фагови вектори; те са вектор на вмъкване и вектор на замяна. Също така, всички фагови вектори се състоят от несъществени гени. Тези гени обаче трябва да бъдат премахнати от фагите, за да се улеснят нови чужди ДНК вложки.
