Ключовата разлика между аеробните и анаеробните микроорганизми е необходимостта от кислород за аеробните микроорганизми за оцеляване, докато не е за анаеробните микроорганизми. Тоест аеробните микроорганизми изискват кислород като техен краен електронен акцептор по време на аеробното дишане, докато анаеробните микроорганизми не се нуждаят от кислород за клетъчното си дишане.
Отговорът на кислорода е основата за класифициране на микроорганизмите като аеробни и анаеробни. Поради това тези микроорганизми притежават различни характеристики, за да изпълняват своите функции по време на клетъчното дишане. Следователно аеробните микроби се подлагат на аеробно дишане, докато анаеробните микроби се подлагат на анаеробно дишане.
