Ключовата разлика между протостомите и второстемите е, че в протостомите бластопорът се превръща в устата, докато в дейстостомите се превръща в ануса. Друга основна разлика е, че ембрионите на протостомите се подлагат на спирално разцепване, докато ембрионите на второстемите се подлагат на радиално разцепване.
При разбирането на тези два термина би било важно да се обърне внимание на това как протича ембрионалното развитие на организмите. Би било особено важно да се разгледат животни с целом, който представлява кухина, пълна с течност, разположена между ендодерма (черва) и мезодерма (предимно мускулен слой); с други думи, целом е перитонеума при бозайниците. Протостомите и дейстеростомите са двата основни типа целоматни животни и има много разлики между тях. Те се различават предимно по начина, по който се образуват устата и ануса им по време на ембрионалното развитие.
