Ключовата разлика между резонанса и мезомерния ефект е, че резонансът е резултат от взаимодействие между самотни електронни двойки и двойки електронни връзки, докато мезомерният ефект се дължи на наличието на заместителни групи или функционални групи.
Двете химически концепции за резонанс и мезомерен ефект определят точната химическа структура на органична молекула. Резонансът възниква в молекули, които имат самотни електронни двойки върху който и да е от атомите в молекулата. Мезомерният ефект възниква, ако молекулата има заместители или функционални групи. И двете явления са често срещани в органичните молекули.
