Ключовата разлика между ендогенните и екзогенните антигени е, че ендогенният антиген се генерира в клетките, докато екзогенният антиген навлиза в тялото отвън.
Антигенът е молекула или вещество, което реагира на продукт със специфичен имунен отговор и стимулира генерирането на антитела. Антигенността на тази конкретна молекула е способността на антигена да индуцира производството на антитела. Също така, антигените могат да бъдат или протеин, или полизахарид. Освен това, антиген-представящите клетки (APC), като дендритни клетки, медиират процесите на усвояване на антигена, обработка на антиген и представяне на антиген. Освен това, в зависимост от имунната активност, антигените могат да бъдат класифицирани като имуногени, толерогени или алергени. Освен това можем да класифицираме антигените според техния произход като екзогенни или ендогенни.