Ключовата разлика между биотрансформацията и метаболизма е, че биотрансформацията е част от метаболизма, при която биохимичната трансформация се осъществява в определено лекарство или съединение, докато метаболизмът се отнася до всички биохимични реакции, протичащи в жив организъм.
Метаболизмът е широк термин, който не включва всички биохимични реакции, протичащи в живия организъм, но също така и метаболизма на лекарствата. Следователно метаболизмът е активен от навлизането на определено съединение до поглъщането на това съединение в живия организъм. Освен това метаболизмът на лекарства или ксенобиотик е важна област на биохимията, изучавана широко по целия свят. Ксенобиотичният метаболизъм включва много процедури. Основната цел на метаболизма на ксенобиотиците или на лекарствения метаболизъм включва всички биохимични модификации, които се извършват в лекарството. Биотрансформацията също е част от ксенобиотичния метаболизъм. Следователно, биотрансформацията от едно съединение в друго съединение е важна, за да се добавят свойства като разтворимост към съединенията и т.н.
