Ключовата разлика между ендоцитозата и фагоцитозата е, че ендоцитозата е процес на поемане на материята в клетката чрез образуване на мехурчета на клетъчната мембрана, докато фагоцитозата е процес на поемане на голямото твърдо вещество в клетката чрез образуване на фагозоми.
Ендоцитозата и фагоцитозата са два транспортни механизма, които поемат материали в клетката. Ендоцитозата е от три категории. Сред тях фагоцитозата и пиноцитозата са двата най-често срещани вида. Нещо повече, фагоцитозата е форма на ендоцитоза. По време на двата механизма се взимат материали във везикулите. Тези материали включват клетъчни остатъци, ензими, мъртви клетки, патогени, хормони, хранителни вещества и др. Противоположният механизъм на ендоцитозата е екзоцитоза, която включва отстраняване на материал от клетката, затворена във везикули.
