Ключовата разлика между хемотаксиса и фагоцитозата е, че хемотаксисът е насочена миграция на клетки или организъм по химичен градиент на концентрация, докато фагоцитозата е механизъм, който поглъща чужди инфекциозни частици, за да ги неутрализира или унищожи.
Левкоцитите са важни клетки на имунната система. Те са бели кръвни клетки. Някои левкоцити са фагоцити. Фагоцитите използват фагоцитоза за поглъщане на чужди частици. Моноцитите, неутрофилите и макрофагите са някои примери за фагоцити. За да достигнат антигени или чужди частици, фагоцитите използват хемотаксис. Хемотаксисът е движение на клетки или организми към или далеч от химичните стимули. Освен това фагоцитите и имунните клетки се мобилизират до мястото на инфекция, нараняване на тъканите и имунни реакции чрез хемотаксис.