Ключовата разлика между ендоцитозата и екзоцитозата е, че ендоцитозата внася вещества в клетката, докато екзоцитозата транспортира веществата навън от клетката.
Клетката има клетъчна мембрана, която действа като бариера между клетъчната вътрешност и външната среда. Следователно, имайки такава мембрана, клетките се нуждаят от някакъв транспортен механизъм, за да се свържат с външната среда. Например, клетките трябва да набавят хранителни вещества и да отделят отпадъци от клетката. За тази цел клетките имат четири основни механизма на транспортиране: дифузия, осмоза, активен транспорт и транспортиране в насипно състояние. Дифузията и осмозата са пасивни процеси, докато активният транспорт и насипният транспорт са активни процеси, които консумират енергия. Ендоцитозата и екзоцитозата са два вида механизми за насипно транспортиране, които транспортират големи частици през плазмената мембрана, или от клетката до външната среда, или от външната среда до клетката. И двата механизма образуват мембранно свързани мехурчета като средство за транспортиране.
