Ключовата разлика между рибозимите и протеиновите ензими е, че рибозимите са РНК молекули, които са способни да катализират определени специфични биохимични реакции, докато протеиновите ензими са протеинови молекули, способни да катализират повечето от биохимичните реакции, протичащи в живите организми.
Ензимите са биологични катализатори и те ускоряват скоростта на биохимичните реакции. По принцип всички ензими са протеини, съставени от аминокиселини. Следователно те също се наричат протеинови ензими. Съществуват обаче специфични РНК молекули, които могат да действат като катализатори на специфични биохимични реакции. Те са рибозимите или ензимите на рибонуклеиновата киселина. Следователно и рибозимите, и протеиновите ензими изпълняват една и съща функция, която е катализатор на биохимичните реакции.
