Ключовата разлика между синьозелените водорасли и зелените водорасли е, че синьозелените водорасли са прокариотни организми, които принадлежат на царство Монера, докато зелените водорасли са еукариотни организми, които принадлежат на царство Протиста.
Фотосинтезата е процесът, показан от фотоавтотрофите. Това е процесът, който синтезира въглехидрати (храни) чрез улавяне на енергия от слънчевата светлина. Процесът изисква наличието на фотосинтетични пигменти, CO 2 и вода. Фотоавтотрофите притежават фотосинтетични пигменти за осъществяване на фотосинтеза. Има три основни групи фотоавтотрофи като растения, цианобактерии (синьозелени водорасли) и водорасли (включително зелени водорасли). Следователно, както сините зелени водорасли, така и зелените водорасли са фотосинтетични организми. Сините зелени водорасли обаче са прокариотни организми, докато зелените водорасли са еукариотни организми. Съответно има разлика между синьозелените водорасли и зелените водорасли въз основа на тяхната клетъчна организация и други характеристики.
