Ключовата разлика между хетерохроматин и еухроматин е, че хетерохроматинът е силно опакованата форма на хроматин, която обикновено е неактивна, докато еухроматинът е хлабаво опакованата форма на хроматин, която обикновено е активна.
Хроматинът е структурата, която държи ДНК веригата на хромозомата. Хетерохроматинът и еухроматинът са двата основни типа хроматин, които присъстват в клетките. Има разлика между хетерохроматин и еухроматин по отношение на структурата и функцията. Освен това те се различават от свойствата на транскрипция и репликация.
