Ключовата разлика между QTL и GWAS разчита на типа последователности, използвани в анализа. QTL използва генни локуси на свързване, за да анализира фенотипни признаци, свързани с полигенно наследяване, докато GWAS използва цели геномни последователности, за да анализира единични нуклеотидни полиморфизми на конкретно състояние.
QTL картите и GWAS играят важна роля в генетичните анализи за различни признаци. Освен това те са важни при анализ на различни болестни състояния с неизвестна етиология. Освен това последователността играе ключова роля и в двете техники. Тези техники могат допълнително да се съчетаят с други техники с висока производителност за повишена точност и прецизност.
