Основната разлика между BLAST и FastA е, че BLAST е основен инструмент за подравняване, достъпен на уебсайта на Националния център за биотехнологична информация, докато FastA е инструмент за търсене на сходство, достъпен на уебсайта на Европейския институт за биоинформатика.
BLAST и FastA са два софтуера, които се използват широко за сравняване на биологични последователности на ДНК, аминокиселини, протеини и нуклеотиди от различни видове и да се търси тяхното сходство. Тези алгоритми са написани, като се има предвид скоростта. Защото, когато учените успяха да изолират ДНК в лабораторията в средата на 80-те години, възникна необходимост от сравняване и намиране на идентични гени за по-нататъшни изследвания с висока скорост. Следователно тези два софтуера са разработени по начин, по който потребителят може да направи бързо търсене на подобни последователности с тези на техните заявки.
BLAST е съкращение от Basic Local Alignment Search Tool и използва локализирания подход при сравняване на двете последователности. FastA е софтуер, отнасящ се до Fast A, където A означава All. Тук софтуерът работи с азбуки като Fast A за секвениране на ДНК и Fast P за протеин. Както BLAST, така и FastA са много бързи в сравнението на всяка база данни за геноми и следователно са много жизнеспособни в парично отношение, както и спестяват време.
