Ключовата разлика между микроядрото и макронуклеуса е, че микроядрото е по-малкото ядро, което съдържа геном на зародишната линия на ресничестите протозои, докато макронуклеусът е най-голямото ядро, съдържащо соматичния геном на ресничестите протозои.
Ядреният диморфизъм е явлението да има два различни типа ядра в една и съща клетка. Това е специална характеристика, присъстваща в протозойните реснички и някои фораминифери. Тези две ядра са макронуклеусът и микроядрата. Те съдържат отделни геноми. Макронуклеусът е по-големият, който контролира метаболизма на ресничестите протозои, докато микронуклеусът е по-малкият, който изпълнява репродуктивни функции и генерира макронуклеуса.
