Ключовата разлика между положителната и отрицателната йонизация в масспектрометрията е, че положителната йонизация образува положително заредени йони, докато отрицателната йонизация образува отрицателно заредени йони.
Мас спектрометрията или MS е техника в аналитичната химия, която измерва съотношението маса към заряд на йони. Крайният резултат от тази техника идва като масов спектър, който се появява като график на интензивността. Освен това, този график е съставен като функция от съотношението маса към заряд. За масова спектрометрия инструментът, който използваме, е мас спектрометър. Когато въведем нашата проба в този инструмент, молекулите на пробите се подлагат на йонизация. Тук изборът на подходяща техника на йонизация е много важен, тъй като има голямо влияние върху крайния резултат. Ако използваме реактивен газ, например амоняк, това ще доведе до йонизация на молекулите на пробата, за да образува или само положителни йони, или само отрицателни йони, в зависимост от настройката на инструмента.
