Ключовата разлика между хромозомната лента и хромозомното боядисване е, че хромозомната лента е техника на оцветяване, която показва региони на хромозомите в различими тъмни и светли ленти, но хромозомното боядисване е техника на хибридизация, при която специфични региони или сегменти на хромозомите са боядисани със специфична за последователността последователност флуоресцентно маркирани сонди.
В цитогенетиката е необходимо да се създаде видим кариотип на организма, за да се идентифицират хромозомите и техните аберации. Хромозомната лента и хромозомното боядисване са две цитогенетични техники, които помагат при визуализирането на хромозомите. И двете техники са полезни при идентифициране на генетични нарушения.
