Ключовата разлика между епистазата и плейотропията е, че епистазата е явлението, при което един ген в един локус променя фенотипната експресия на ген в друг локус, докато плейотропията обяснява явлението, при което един ген засяга множество фенотипни белези.
Епистазата и плейотропията са две явления в генетиката. Епистаза възниква, когато повече от един ген определя един фенотип. Следователно при епистаза един ген влияе върху експресията на друг ген, разположен на различно локус. За разлика от това, плейотропията се появява, когато един ген определя множество фенотипове. Следователно, един ген допринася за множество характеристики. И епистазата, и плейотропията са вариации на Менделевото наследство.
