Ключовата разлика между X инактивацията и геномното импринтиране е, че X инактивирането е процес, при който едно копие на X хромозома се инактивира при някои жени, докато геномното импринтиране е процес, който зависи от родителя на произход и това е процесът, при който копията на гените са диференцирано експресирани.
X инактивирането и геномното импринтиране са два процеса, които могат да доведат до моноалелна експресия. С прости думи, и двете явления причиняват изключването на едно копие на ген. Геномното импринтиране се извършва в специфични гени, докато X инактивирането причинява инактивиране на гени в цялата Х хромозома. И двата процеса водят до намалена генна експресия.
