Ключовата разлика между алоантителата и автоантителата е, че алоантителата са антитела, произведени срещу алоантигени, които са чужди антигени, въведени чрез трансфузия или бременност. Междувременно автоантителата са антитела, които реагират със собствени антигени.
Антителата се произвеждат в резултат на имунен отговор. Те могат да отразяват присъствието, естеството и интензивността на имунния отговор. Имунната система трябва да може да идентифицира самостоятелно антигени и чужди антигени. Това е критично за неговата функция. В клетките на имунната система произвеждат антитела срещу антигени. Алоантителата и автоантителата са два вида такива антитела. Алоантителата се произвеждат поради въвеждането на алоантигени в организма чрез трансфузия или бременност. За разлика от тях, автоантителата са антитела, които реагират със собствени антигени. Реакцията на автоантитела със собствени антигени е отговорна за възпалението, увреждането и дисфункцията на тъканите и органите, което води до признаци и симптоми на автоимунни нарушения.