Ключовата разлика между кватернерния амоний и амоняка е, че кватернерната амонячна молекула има централен азотен атом, свързан с четири алкилови групи, докато амонячната молекула съдържа един азотен център, свързан с три водородни атома.
Кватернерният амоний е катион, който е получен от нормална амонячна молекула. Тук трите водородни атома на амонячната молекула са заместени с подобни или различни алкилови групи и има допълнителна алкилова група, свързана с азотния атом чрез неговата самотна електронна двойка.
