Ключовата разлика между преходния и балансирания полиморфизъм се основава на това как се държат алелите. Преходният полиморфизъм е прогресивно заместване на един алел на ген с друг алел, докато балансираният полиморфизъм е поддържането на двата различни алела на ген във времето
Генетичният полиморфизъм е един или два или повече варианта на определена ДНК. Преходният и балансиран полиморфизъм са два вида полиморфизъм, които възникват поради два алтернативни алела на ген. При преходен полиморфизъм, от двата алтернативни алела на даден локус, един алел постепенно се заменя с друг. В балансирания полиморфизъм двата алела са в равновесие помежду си. И двете версии на гена се поддържат в популацията.
