Ключовата разлика между ендопептидаза и екзопептидаза е, че ендопептидазата разкъсва пептидни връзки в протеиновите молекули, докато екзопептидазата разцепва пептидни връзки в крайните части на протеиновите молекули.
Протеините са важни макромолекули, които са от съществено значение за повечето биохимични реакции, протичащи във всички организми. Различните аминокиселини се обединяват и образуват тези протеини. Освен това ензимите катализират хидролизата на протеините обратно в аминокиселини. Те са специфични ензими, наречени протеази или пептидази. Следователно те имат способността да разграждат пептидните вериги на протеини до аминокиселини. Освен това пептидазите могат да бъдат ендопептидази или екзопептидази.
