Ключовата разлика между апоморфия и плезиоморфия е, че апоморфията се отнася до характеристика, която е уникална за клада и се среща при всички потомци на тази клада, докато плезиоморфията се отнася до характеристика, която присъства в кладата, но може да не присъства в всички членове на кладата.
Във филогенетиката кладистиката е областта, която класифицира организмите в кладове или групи въз основа на характеристиките, които наследяват от предците. Това е много надеждна форма на обучение, която помага да се анализират еволюционните и филогенетичните взаимоотношения. Различни терминологии могат да бъдат използвани за описване на характеристиките на всяка клада като апоморфия, плезиоморфия, аутапоморфия, синапоморфия и хомоплазия и др. Сред тях апоморфията и плезиоморфията са относителни термини. В тези проучвания компютърно-базиран софтуер е наистина полезен за изучаване на характеристиките и характеристиките на Apomorphy и Plesiomorphy.
