Ключовата разлика между коензима и кофактора е, че коензимите са органични молекули, докато кофакторите могат да бъдат или органични, или неорганични молекули.
Ензимите са основни биологични макромолекули. Те са биологичните катализатори, което увеличава скоростта на биологичните реакции при много меки условия. Освен това ензимите са протеини; по този начин, когато са подложени на високо ниво на топлина, концентрации на сол, механични сили, органични разтворители и концентрирани киселинни или основни разтвори, те са склонни да денатурират. Понякога ензимите се нуждаят от подкрепата на друга молекула или йон, за да имат специфичната функция. Коензимите и кофакторите са такива молекули.
