Ключовата разлика между опсонизацията и неутрализацията зависи от начина, по който те изпълняват имунологичния отговор. При опсонизацията патогените се маркират преди да бъдат унищожени, докато при неутрализация ефектът на патогена се неутрализира.
Имунологичните отговори могат да бъдат вродени или адаптивни. Патогените притежават рецептори за разпознаване на патогени, които улесняват идентифицирането от гостоприемника. При опсонизацията гостоприемникът произвежда опсонини. При неутрализацията обаче гостоприемникът произвежда неутрализиращи антитела, за да неутрализира ефекта на реакцията антитяло-антиген.
