Ключовата разлика между патофизиологията и патогенезата е, че патофизиологията обяснява състояния, типично наблюдавани по време на болестно състояние, както и процесите или механизмите, действащи в организма, докато патогенезата обяснява произхода и развитието на заболяването и дали заболяването е остро, хронично или рецидивиращо.
Патофизиологията и патогенезата са два подобни термина, използвани за обяснение на появата на заболяване и свързаните с него механизми и характеристики. Патофизиологията се отнася до състоянията, наблюдавани по време на болестно състояние и процесите, протичащи в организма. Патогенезата се фокусира основно върху произхода и развитието на заболяването. И двете проучвания са важни за диагностицирането на заболяването и предотвратяването на разпространението му.