Ключовата разлика между фенетиката и кладистиката е методът, използван при класифицирането на организмите. Фенетиката класифицира организмите въз основа на морфологични и структурни характеристики, докато кладистиката класифицира организмите въз основа на техния произход и еволюционни връзки.
Класификацията на организмите е важен процес в биологичното разнообразие и биологичните изследвания. Таксономията улеснява класификацията на различни системи, като същевременно помага в групирането и групирането на организмите. В това отношение фенетиката и кладистиката играят важна роля за изграждане на взаимоотношения между организмите.
