Ключовата разлика между побратимяването на изкуствени ембриони и ядрения трансфер на соматични клетки е, че изкуственото побратимяване е техниката, при която разделянето на оплодената яйцеклетка на два генетично идентични ембриона се извършва при in vitro условия, докато ядреният трансфер на соматични клетки е техника, при която вмъкването на ядрото на соматична клетка в енуклеирана яйцеклетка се осъществява при in vitro условия.
Молекулярното клониране е важна техника за получаване на рекомбинантни организми с подобрени характеристики. Изкуственото побратимяване на ембриони и ядреният трансфер на соматични клетки са две такива техники, използвани при in vitro условия с цел създаване на клонинги както за репродуктивни, така и за терапевтични цели. Съществува обаче разлика между изкуственото побратимяване на ембриони и ядрения трансфер на соматични клетки по отношение на техния метод на клониране.
