Ключовата разлика между протомерите и капсомерите е, че протомерите са структурни единици на олигомерни протеини, докато капсомерите са отделни протеини, съставени от протомери, които са структурни субединици на вирусния капсид.
Вирусът е вътреклетъчен облигатен паразит, който е инфекциозна частица. Капсидът е един от двата основни компонента на вирусна частица. Това е протеинова обвивка, която обгражда и защитава вирусния геном. Капсидът се състои от протомери, които са структурните единици на олигомерните протеини. Capsomere е структурна субединица на вирусния капсид и представлява агрегация от няколко протомера като единица. По този начин протомерите се самосглобяват, за да образуват капсомера, а капсомерите се сглобяват, за да образуват капсид.
