Ключовата разлика между конгенера и изомера е, че конгенерът се отнася до химични съединения със сходна структура и сходни свойства. Междувременно изомерът се отнася до молекули, имащи една и съща химична формула, но различни структури.
Термините конгенер и изомер се отнасят до групи съединения, които са групирани според техните прилики. Терминът конгенер може да има различни дефиниции, но в химията най-често използваме дефиницията, че конгенери са химични съединения със сходна структура и сходни свойства. Изомерите, от друга страна, са съединения с различна структура, но сходен атомен състав; следователно те също имат различни свойства.
