Ключовата разлика между цитохрома и фитохрома е, че цитохромът е електронен трансфер хем протеин, участващ в аеробното дишане. Междувременно фитохромът е фоторецепторен протеин, който е чувствителен към червената и далечночервената светлина на видимия спектър.
Живите организми имат различни видове пигменти. Някои са поглъщащи светлината пигменти, докато други са дихателни пигменти. Цитохромът е металопротеин, който работи като електронен носител при аеробно дишане. Междувременно фитохромът е фоторецептор, който абсорбира червената и далечночервената светлина от видимия спектър. В сравнение с цитохрома, фитохромите са важни в много аспекти на развитието на растенията.