Основната разлика между Apicomplexia и Ciliophora е, че Apicomplexia е подфилум на протозои и включва организми с апикален комплекс, докато Ciliophora е друг подфилум на протозои, който включва организми с реснички.
Протозоите са една от двете основни групи, принадлежащи към Царството Протиста. Другата група са водораслите. Протозоите са едноклетъчни животни като еукариотни организми. Те принадлежат към четири класа: Sarcodina (амеби), Ciliophora (реснички), Zoomastigophora (флагелати) и Apicomplexa. Апикомплексията притежава структура, известна като апикален комплекс, докато членовете на Ciliophora имат хиляди реснички на повърхността на организма.
