Ключовата разлика между кодоминирането и множествените алели е, че кодоминирането изразява ефекта от двата алела независимо, без да се смесват в хетерозиготно състояние, докато множество алели се отнасят до състоянието на черта, която има повече от два различни алела.
Като цяло, всеки ген идва с два различни алела. Единият е доминиращ алел, докато другият е рецесивен алел. Според наследството на Мендел, доминиращият алел изразява своя фенотип, като същевременно потиска рецесивния алел в хетерозиготно състояние. Някои гени обаче имат три или повече различни алела за една черта. Те се наричат множество алели. Освен това кодоминирането е неменделевско наследство. При това явление потомството получава двата родителски гена като комбинация от двата гена. Следователно и двата гена се експресират еднакво в потомството.
