Ключовата разлика между антигенната и фазовата вариация е, че антигенната вариация е механизмът, който се отнася до експресията на антигенно различни протеини, въглехидрати или липиди на техните повърхности, докато фазовата вариация е високочестотното обратимо включване и изключване на фенотипната експресия.
Антигенната и фазовата вариация са два вида молекулни механизми, използвани от патогените, за да се избегнат имунните отговори на гостоприемника. Те са свързани помежду си. Тези механизми позволяват на микробите, особено на бактериите, да се адаптират към повече от една среда. В резултат на фазова и антигенна вариация се образува хетерогенен фенотип на клонова бактериална популация. В тази популация отделните клетки експресират фазово променливи протеини или една от множеството антигенни форми на протеина. Тези вариации са предимно стратегии за вирулентност, изпълнявани от патогени.
