Ключовата разлика между гаметофитната и спорофитната самосъвместимост е, че в гаметофитната система за самосъвместимост фенотипът на полените се определя от неговия гаметофитен хаплоиден генотип, докато при спорофитната самонесъвместимост фенотипът на полените се определя от диплоидния генотип на растението.
Самосъвместимостта е механизъм за контрол на опрашването при растенията. Той предотвратява предимно самоопрашването и налага кръстосано опрашване, което е еволюционно изгодно. Самосъвместимостта възниква в резултат на отрицателни химически взаимодействия между цветен прашец и стилна тъкан в рамките на същия алел. Въпреки че полените и плодниците са жизнеспособни и плодородни, поникването на цветен прашец не се извършва в тези растения. Когато поникването на полени не се случи, поленовата тръба не може да се образува. Тогава полените не успяват да доставят мъжки гамети в женски гамети за оплождане. В резултат на това те не могат да произвеждат семена.
Има две основни системи за самосъвместимост като гаметофитна самосъвместимост и спорофитна самосъвместимост. Те са системи за несъвместимост с единичен локус, които се основават на един многоалелен локус (S). Този локус се състои от един плод, експресиращ S ген и един прашец, експресиращ S ген.
