Ключова разлика - SYBR Green срещу Taqman
SYBR Green и Taqman са два метода, използвани за откриване или наблюдение на процеса на усилване на PCR в реално време. SYBR Green е метод, основан на интеркалиращо оцветяващо оцветяващо вещество с нуклеинова киселина, докато Taqman е метод, базиран на сонда за хидролиза. И двете технологии са предназначени да генерират флуоресценция по време на PCR, което позволява PCR машина в реално време да наблюдава реакцията в „реално време“. Методът SYBR Green се провежда с помощта на флуоресцентно багрило, наречено SYBR green и открива амплификацията чрез свързване на багрилото с получената двуверижна ДНК. Taqman се провежда с помощта на двойно маркирани сонди и открива усилването чрез разграждане на сондата от Taq полимераза и освобождаване на флуорофора. Това е ключовата разлика между SYBR Green и Taqman.
СЪДЪРЖАНИЕ
1. Общ преглед и ключова разлика
2. Какво е SYBR Green
3. Какво е Taqman
4. Равно до сравнение - SYBR Green срещу Taqman
5. Резюме
Какво е SYBR Green?
SYBR Green е флуоресцентно багрило, използвано за оцветяване на нуклеинови киселини, особено двуверижна ДНК в молекулярната биология. Методът SYBR Green се използва за количествено определяне на PCR продуктите по време на PCR в реално време. След като се свърже с ДНК, полученият ДНК-багрилен комплекс поглъща синя светлина и излъчва интензивна зелена светлина. Това се случва поради структурната промяна, която настъпва в молекулата на багрилото при свързване с двуверижна ДНК. Когато PCR създава все повече и повече ДНК, повече молекули на багрилото се свързват с ДНК, генерирайки повече флуоресценция. Следователно, флуоресценцията се увеличава с натрупването на PCR продукт. Следователно количеството на PCR продукта може да бъде количествено измерено чрез SYBR Green флуоресцентна детекция.
Зеленото багрило SYBR може да се използва и за маркиране на ДНК при цитометрия и флуоресцентна микроскопия. Етидиевият бромид е успешно заменен от SYBR Green, тъй като етидиевият бромид е канцерогенно багрило с проблеми при изхвърляне по време на визуализацията на ДНК в гел електрофорезата.
Има предимства и недостатъци на зеления метод SYBR. Този метод е много чувствителен, евтин и лесен за използване. Въпреки това, поради способността му да се свързва с която и да е двуверижна ДНК, неспецифичното свързване може да доведе до свръх количествено определяне на PCR продукта.
Фигура 01: Зелена техника на SYBR
Какво е Taqman?
Taqman е алтернативен метод за SYBR Green за наблюдение на PCR процеса в реално време. Този метод зависи от 5 '- 3' екзонуклеазната активност на ензима Taq полимераза за разграждане на сондите по време на удължаването на новата верига и освобождаването на флуорофор. При този метод се използват двойно маркирани сонди и той се основава на хидролизата на сондите. Сондите са флуоресцентно маркирани ДНК олигонуклеотиди, имащи флуоресцентна репортерна молекула (флуорофор) в 5 'края и гасителна молекула в 3' края. Те са проектирани да се свързват с едноверижния шаблон от противоположната страна на грундовите отгледи. Taq полимеразата добавя нуклеотиди към праймера и разширява новата верига към двойно маркираните сонди. След като Taq полимеразата се срещне със сондата, екзонуклеазното действие на Taq полимеразата активира и разгражда сондата. След като завърши синтеза на новата верига, сондата се подлага на пълно разграждане и освобождава флуорофора. Освобождаването на флуорофор генерира флуоресценция. Флуоресцентната гасителна молекула ефективно гаси излъчената светлина и създава изхода за количествено определяне на PCR продукта. Освобождаването на флуорофори и количеството на PCR продуктите са пропорционални. Следователно количественото определяне може лесно да се направи по метода на Taqman.количественото определяне може лесно да се направи по метода на Taqman.количественото определяне може лесно да се направи по метода на Taqman.
Фигура 02: Метод на Taqman
Методът Taqman се използва в PCR в реално време, количествено определяне на генната експресия, откриване на генетични полиморфизми, количествено определяне на хромозомни делеции на ДНК, бактериална идентификация, проверка на анализ на микрочипове, генотипиране на SNP и др.
Каква е разликата между SYBR green и Taqman?
Различна статия Средна преди таблица
SYBR Green срещу Taqman |
|
| SYBR Green се основава на ДНК свързващо багрило. | Taqman зависи от хибридизационни сонди и 5 'до 3' екзонуклеазна активност на Taq полимераза. |
| Флуоресцентно маркирани сонди | |
| Не са необходими флуоресцентно маркирани сонди. | Необходими са двойно маркирани сонди. |
| Мултиплексен генен анализ | |
| Не може да се използва за мултиплексни генни цели. | Може да се използва за мултиплексни генни цели. |
| Разходи | |
| Това е по-евтино. | Това е по-скъпо. |
| Специфичност | |
| Това е по-малко специфично и се свързва с която и да е двуверижна ДНК | Те са изключително специфични, тъй като сондите откриват специфичните продукти за усилване. |
| Ефикасност | |
| Това е по-малко ефективно. | Това е високо ефективно. |
| Приложение | |
| Това се използва в PCR в реално време, визуализация на агарозен гел, маркиране на ДНК и др. | Това се използва в реално време PCR, количествено определяне на генната експресия, откриване на генетични полиморфизми и др. |
Резюме - SYBR Green и Taqman
Taqman и SYBR green са два метода, използвани в PCR в реално време (количествена PCR). И двата метода позволяват количествено определяне на PCR продукта ефективно и разчитат на излъчването на флуоресценция. Методът Taqman използва двойно маркирани сонди за откриване на натрупаната ДНК, докато методът SYBR Green използва флуоресцентно багрило. И двата метода имат различно приложение в молекулярната биология.
