Ключовата разлика между флуксиалността и тавтомеризма е, че флуксиалността се отнася до обмяната на някои или всички атоми в молекулата, докато тавтомерията се отнася до обмена на протони между молекулите.
И двата термина флуксионност и тавтомеризъм се отнасят до обмен на атом (и) между различни позиции като аксиални и екваториални позиции. Ако тези различни позиции лежат на една и съща молекула, това е флуксионност. Но ако атомът, който е разменен, е водороден атом (протон) и от позициите е в две различни молекули, тогава това се нарича тавтомеризъм.
