Ключовата разлика между случайно и отпечатано X инактивиране е, че случайното X инактивиране е инактивиране на бащина или майчина X хромозома с еднаква вероятност по време на гаструлация в епибласта, докато отпечатаното X инактивиране е неслучайно X инактивиране на полученото от баща X хромозома в екстраембрионалните тъкани на бозайници.
X инактивирането е процес, наблюдаван при женските бозайници. Обикновено женските имат две Х хромозоми. И при женските бозайници една Х хромозома става неактивна. С други думи, една Х хромозома се превръща в транскрипционно неактивна структура. След като това се случи, тази конкретна Х хромозома остава неактивна през целия живот на клетката и нейните потомци в организма. Освен това инактивираната Х хромозома се кондензира в компактна структура, наречена тяло на Бар, и тя стабилно се поддържа в безшумно състояние. Също така, процесът на инактивиране на X зависи от контрола на две некодиращи комплементарни РНК. Инактивирането на X обаче не се случва при мъже, които имат само една Х хромозома. Освен това, инактивирането на X може да възникне произволно или поради отпечатване.
