Ключовата разлика между ауксотрофите и прототрофите е, че ауксотрофите са мутантни микроорганизми, които са загубили способността да произвеждат определено органично съединение, необходимо за растежа им, докато прототрофите са микроорганизми от див тип, способни да произвеждат всички необходими органични съединения.
Микроорганизмите показват различни режими на хранене. По-специално, бактериите имат различни способности. Някои бактерии са способни да фотосинтезират и да произвеждат собствена храна, докато някои бактерии живеят в симбиотични взаимоотношения с организма си приемник и получават хранителни вещества. Освен това някои бактерии разграждат органичните вещества и придобиват хранителни вещества. Ауксотрофите и прототрофите са две групи микроорганизми, които се различават въз основа на способността им да произвеждат органични съединения за техния растеж. Прототрофите могат да синтезират всички органични съединения, необходими за техния растеж, докато автотрофите не са в състояние да произведат определено органично съединение, което е от съществено значение за растежа му поради мутация.
